El Acuerdo, en su Art 8, establece la formación de la Comisión para la Cooperación Ambiental, como el espacio institucional que debe velar por el cumplimiento del Acuerdo y fomentar la cooperación entre las Partes en temas ambientales.
La Comisión está compuesta por un Consejo, el Comité Conjunto Revisor de Peticiones y por el Comité Consultivo Público Conjunto. Es apoyada en su gestión por dos Secretariados Nacionales, uno chileno y uno canadiense, establecidos en cada país.
Las actividades de cooperación son programadas en conjunto y ejecutadas con recursos de la Comisión. El programa de trabajo y el presupuesto anual es preparado en conjunto por los dos Secretariados y aprobado por el Consejo.